Le monde accuse un retard alarmant dans le suivi de l'émergence de nouveaux variants de la COVID-19, faute d'intensifier suffisamment le séquençage génomique des nouveaux cas pour suivre l'évolution du virus. L'AIDS Healthcare Foundation (AHF) appelle les pays à coopérer et à s'engager à atteindre l'objectif mondial de séquencer au moins 5 % de tous les cas de COVID-19 et de publier systématiquement les résultats dans un délai d'une semaine.
Selon l'Initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), la plus grande plateforme mondiale en libre accès qui suit le séquençage génomique du SARS-CoV-2, actuellement, seulement 1.5 % environ des cas ont été séquencés et signalés à GISAID. Si quelques pays obtiennent de bons résultats, comme l'Australie et l'Islande qui ont séquencé respectivement 58.6 % et 57 % des cas, la plupart des pays, y compris de nombreux pays développés et industrialisés, se situent bien en dessous de 5 %. Pire encore, la plupart des rapports qui parviennent à GISAID sont terriblement obsolètes : en moyenne, entre la collecte des données et leur transmission à GISAID, les pays mettent près de 78 jours. Avec un délai de transmission de plus de 2.5 mois, des données aussi anciennes compromettent gravement les efforts déployés pour lutter contre un virus en constante évolution.
« Le séquençage génomique est d’une importance capitale, car il est probable que l’évolution de la situation épidémiologique se fasse avec un décalage important ; les données disponibles actuellement ne sont qu’un instantané de la situation d’il y a un mois, voire plus », a déclaré le président de l’AHF. Michel Weinstein« Si, par exemple, un nouveau variant apparaît actuellement en Jamaïque, au Pérou ou en Ukraine, nous ne le saurons que le mois prochain. Il s'agit d'une question de sécurité sanitaire mondiale, et les États-Unis peuvent jouer un rôle de premier plan dans le séquençage génomique en intensifiant ces efforts au niveau national et en aidant d'autres pays à faire de même. Sans données de séquençage génomique mondiales et actualisées, nous avançons à l'aveuglette et menons un combat dépassé. »
L’AHF a commencé à financer des projets de séquençage génomique par le biais de son Institut de santé publique mondiale de l’Université de Miami afin de démontrer la rapidité et l’efficacité du déploiement d’un tel modèle. Depuis son lancement en début d’année, l’initiative s’est étendue au-delà de Miami. En réponse à un appel à propositions sur le séquençage génomique, l’AHF a reçu des candidatures du Mexique, de l’Argentine, du Brésil, de l’Ouganda, du Kenya, de l’Inde, de Trinité-et-Tobago et de la Thaïlande, ainsi que des manifestations d’intérêt de la Jamaïque, des Philippines et de l’Ukraine.
« Nous finançons des projets de séquençage génomique pour montrer que nous ne nous contentons pas d'en parler et d'exiger des actions concrètes, mais que nous agissons aussi. L'une des conditions d'octroi des subventions de l'AHF est le partage des données avec GISAID, afin que le monde entier puisse bénéficier de ces connaissances », a déclaré Dr Jorge Saavedra, directrice exécutive de l'Institut de santé publique mondiale de l'AHF à l'Université de Miami.
Le professeur Mario Stevenson, virologue de renom à l'Université de Miami et bénéficiaire d'une subvention de l'AHF, a souligné l'importance du suivi des variants émergents du SARS-CoV-2, y voyant un moyen de mieux connaître son ennemi. « La meilleure façon de combattre un ennemi est de le connaître de l'intérieur. Le séquençage génomique nous permet de savoir précisément comment le coronavirus mute, comment il est susceptible d'évoluer et d'attaquer, et s'il s'agit d'un variant préoccupant ou d'un variant d'intérêt nécessitant une surveillance étroite », a déclaré le professeur Stevenson.
